纳豆是来自日本的一种传统食品，在日本已经有一千多年的历史，纳豆最初是利用稻草上自然的枯草菌发酵，在寺庙的厨房制造，因为寺庙的厨房叫“纳所”，所以叫纳豆。纳豆当时是素食的僧侣们重要的营养来源，也是日本皇室、僧侣、贵族、武士经常食用的食物。
纳豆是以黄豆为原料，以纳豆枯草芽苞杆菌发酵而成的一种食品。纳豆对于日本人，犹如腐乳对中国人。同样是豆制品，同样散发强烈味道，同样需要微生物的发酵，同样是有人很喜欢，有人碰都不碰。
纳豆在日本很流行，千年来，日本家庭从上到下口耳相传纳豆的好处：不会感染肺结核、喝酒时吃它就不醉、对高血压和心脏病有好处、能治痢疾等。1905年日本北海道大学的池村博士，从土壤中分离出纳豆菌种。试验后发现其品质大大优于用稻草上的菌种生产的纳豆生产，摆脱了使用稻草上的菌种生产纳豆的历史。以后，随着专用纳豆菌种的使用，纳豆的品质越来越好，纳豆的功效和保健作用才越来越显现，从此开创了纳豆从营养食品到具有药效和功效的微生态、健康食品的新时代。
上个世纪80年代，纳豆热潮席卷全球。1986年，日本生理学教授发现纳豆中含有天然的血栓溶解酵素，并命名为纳豆激酶。日本人还成立了“日本纳豆激酶协会”，并给纳豆激酶的含量规定了相应标准。